Nově vzniklý Ústav šlechtičen se tak stal svou monumentální fasádou výraznou stavbou v panoramatu Hradčan. V roce 1918 Ústav šlechtičen zaniká a v budově se na dlouhý čas usídlují pracoviště Ministerstva vnitra. Přístup do budovy byl omezený a stavební úpravy, které tu byly provedeny, byly naprosto nevhodné. Mezi nejvýraznější patřila vestavba garáží a čerpací stanice v Rožmberském nádvoří, dieselagregát a naftové hospodářství ve 2. suterenu, cvičná střelnice v prostorách někdejšího Švamberského domu, množství novodobých příček a podhledů plných kabelů.
Rekonstrukce objektu proběhla v devíti etapách za provozu uživatelů a zahrnovala nejen interiér vlastní budovy včetně krovu, suterénů a nádvoří, ale i parkán nad zahradou Na Valech, generální opravu soklu budovy a omítky do Jiřské ulice a v Rožmberském nádvoří. Podmínkou zadání bylo, že stavební práce budou prováděny s ohledem na uživatele objektu, logiku provozních celků a na finanční možnosti investora, závislé na státním rozpočtu.
Většina přízemí a 1. patra slouží jako kanceláře Správy Pražského hradu a Hradní policie, dílny pro restaurování textilu a depozitáře hradních sbírek. 1. suterén tvoří prostory restaurátorských dílen, místnosti a depozitáře Archivu Kanceláře prezidenta, detašované pracoviště Archeologického ústavu Akademie věd a prostory kolem Rožmberského nádvoří se sálem a kavárnou, přístupné veřejnosti.
Renesanční klenutý Rožmberský sál, za Pacassiho přestavby předělený na chodbu a čtyři místnosti s druhotně vloženými plochými stropy, byl od těchto vestaveb vyčištěn, staticky zajištěn a bude ve svém téměř původním renesančním vzhledu sloužit pro pořádání rozličných kulturních a výstavních akcí. Stejnému účelu bude sloužit i obnovená barokní kaple Neposkvrněného Početí Panny Marie, u níž došlo ke kompletní restaurátorské obnově celého třípodlažního prostoru, ve 20. letech minulého století přepatrovaného vloženými stropy. Přestropení byla odstraněna, byla restaurována téměř kompletně dochovaná malířská fresková výzdoba stěn a stropu, restaurovány okenní výplně a dveře a znovu postavena dvojice kruchet.
Bylo rekonstruováno hlavní schodiště s lucernou se znakem Ústavu šlechtičen ve vrcholu, jež je jedním z architektonicky nejcennějších barokních prostorů v objektu.
Pro rozsáhlou sbírku hradních textilií a obrazů byly vybudovány moderní restaurátorské dílny a depozitáře se specielním vybavením, tak aby tyto prostory vyhověly požadovaným náročným podmínkám, pro uchování vzácných historických předmětů.
Nefunkční novodobý pultový krov, přiléhající ke kostelu Všech Svatých byl odstraněn a na jeho místě vznikla terasa s nově navrženým zděným zábradlím, žulovým stolem a geometricky ztvárněnou částí fasády přiléhající k Parléřovu zdivu kostela.
Mimořádně dobře zachovaný barokní krov budovy byl identifikován jako unikátní technický reprezentant svého druhu, proto byly z programu vypuštěny původně uvažované restaurátorské ateliery a bylo rozhodnuto o zachování autentického prostoru ke studijním a prezentačním účelům. Pro návštěvy a pracovníky údržby byly vybudovány dřevěné „chodníky“ s jednoduchým ocelovým zábradlím.
Parkán, přiléhající k objektu Ústavu šlechtičen z jižní strany nad zahradou Na Valech, byl vyčištěn, technicky obnoven a obohacen o oblázkovou mozaiku, která spolu s popínavou zelení tvoří jeho povrch.
Nádvoří paláce byla upravena, jedno parkově doplněné kamennou kašnou z hradních depozitářů, na druhém je „novostavba“ kotce pro služební psy Hradní policie.
Rožmberské nádvoří, které bude i s kavárnou v sousedním klenutém renesančním prostoru přístupné veřejnosti, bylo nově vydlážděno, přiléhající arkády restaurovány a nově nasvíceny. Pro dláždění nádvoří byly použity zbytky původních dlažeb nalezených na místě, doplněné materiálem z hradních deponií. Dominantu prostoru tvoří zrestaurovaná kašna, která byla nalezena při výkopových pracích v nádvoří.
U nově navrhovaných architektonických prvků, jako jsou např. svítidla, dlažby chodeb, mříže, poklopy či vestavěný nábytek depozitářů a archivů, bylo použito moderní tvarosloví. Naopak originální prvky – zábradlí, dveře, okna, okenice, kamenné portály a původní omítky místy s restaurovanou dochovanou výmalbou – byly odborně restaurovány. Z původního vybavení objektu se nezachovalo téměř nic a proto byl jeho utilitární vzhled doplněn zrestaurovanými prvky ze sbírek a depozitářů Pražského hradu. Jedná se o dveřní křídla a lustry v Rožmberském sále, kamenné a dřevěné zlacené sochy ve vstupních prostorách a portréty zakladatelky a představených Ústavu šlechtičen a abatyší kláštera Sv. Jiří v chodbách.